Le CFRONG, en 1997, s’est constitué de fait à l’occasion de la tenue au Bénin de la réunion de la Commission Mixte Franco-béninoise à laquelle les ONG du Bénin ont été invitées aux côtés de leurs homologues français.
Comme le Gouvernement du Bénin d’alors qualifiait les ONG béninoises d’inorganisées, elles se sont regroupées pour la circonstance pour relever le défi et se sont choisies un porte-parole qu’elles ont appelé par la suite chef de File.
En Février 1997, les ONG du Bénin réunies au sein des Fédérations et Réseaux se sont constituées et travaillaient dans l’informel. Elles se réunissaient pour échanger des expériences et pour prendre des positions communes sur les dossiers de développement.
En mai 2004, le CFRONG qui collabore avec les ONG françaises dans le cadre des commissions mixtes France-Bénin a eu des contacts avec Coordination Sud. Ces relations ont permis au CFRONG de participer aux rencontres régionales africaines et de devenir membre du REPAOC. Le 29 avril 2006, le CFRONG a jugé utile d’aller en assemblée générale constitutive et s’est doté de statuts et règlement intérieur ainsi que d’un Conseil d’Administration de neuf (9) membres.
Il faut attendre avril 2006 pour voir le CFRONG se doter des statuts et règlement intérieur ainsi que de son Conseil d’Administration.
Le CFRONG dès sa reconnaissance par le Gouvernement, s’est positionné auprès de la plupart des partenaires techniques nationaux qui ont accepté de l’impliquer dans leurs programmes ; il en est de même au niveau des départements ministériels et d’autres institutions de l’Etat béninois.